男青年林肯·6E（伊万·迈克格雷戈）生活在一个貌似乌托邦、却被21世纪中叶先进的科学技术设备武装起来的社区里。他跟所有其他社区居民一样，梦想被选中成为“神秘岛”的访客，因为据说那个岛是这个星球上惟一没有被污染过的一片净土。

　　但是，不久后的一个意外让林肯惊觉：原来，他头脑中一切关于自己身世和整个这个社区的认识都是一个巨大的谎言！他和社区里的所有居民其实都是“神秘岛”居民们的克隆人，他们的存在只是为了给他们的“原型”提供各种更换用的身体零件，而这个社区其实只是个软禁他们的牢笼……

　　得知事情真相之后，林肯意识到：自己迟早会被“收割”，送到“神秘岛”去给主人提供零件。与其像个牲口一样任人宰割，不如拼着命杀出一条血路来！于是乎，林肯和社区另一位居民——美丽的女克隆人乔丹·2D（斯嘉丽·约翰森）一起，踏上了逃离克隆社区、寻找新生活的冒险之旅……
以动作片当家的好莱坞向来不缺牛×的动作片大导演，远到早些年拍《终结者》、《泰坦尼克》的詹姆斯·卡梅隆；近到以《指环王》系列打响的新西兰导演彼得·杰克逊和来自香港“外援”吴宇森，都是些叱咤风云、呼风唤雨的大腕级导演。而说到动作片导演，本片的导演迈克尔·贝也算得上一号，从《绝地战警》（Bad Boys）、《石破天惊》（The Rock）、《世界末日》（Armageddon），到《珍珠港》、《绝地战警2》，迈克尔·贝可以说是“背后洒下一片辉煌”，硕果累累。在好莱坞，要拍大制作的动作片，请迈克尔·贝当导演绝对是票房的保险。在沉寂了2年之后，迈克尔以这部改编自同名小说的《神秘岛》重新露面，着实让动作片影迷们为之一振。不过，跟以往有所不同的是，这次迈克尔·贝告别了常年的亲密合作伙伴——金牌制作人杰瑞·布鲁克海默，并且起用了两位文艺片演员来担纲主角，不知他这葫芦里面卖的是什么药。也许这个全新的阵营能够撞击出令人激动和意外的新火花？